Softwaretool Genalice versnelt DNA-onderzoek

11-09-2012 11:14 | Door Sander Hulsman | Lees meer artikelen over: Biometrie | Lees meer over het bedrijf: Genalice | Er zijn 2 reacties op dit artikel | Permalink
dna

In een directe vergelijking met drie van de huidige standaarden, blijkt de nieuwe softwaretool van Genalice vele malen sneller en accurater DNA-alignment te kunnen uitvoeren. Een doorbraak, want hierdoor wordt onderzoek naar DNA-ziektes zoals kanker sneller, beter en goedkoper.

Zogenaamde sequencers, kunnen het volledige DNA van een patiënt digitaliseren. Deze machines lezen het totale DNA van een patiënt af in miljoenen korte stukjes. Vervolgens moet intelligente software deze (puzzel)stukjes op de juiste plaats leggen (alignment). Hierdoor krijgen onderzoekers een totaalplaatje van het DNA van een patiënt. Dit bevat vooral voor complexe DNA-ziektes, zoals kanker, een schat aan informatie om individuele patiënten beter te kunnen diagnosticeren en behandelen.

Bowtie, Bowtie2 en BWA

De bestaande oplossingen om alignment uit te voeren, hebben de versnellingscurve van de nieuwe generatie sequencers niet bijgehouden. De nieuwe software van Genalice is gebaseerd op een compleet nieuw algoritme waardoor dit alignment-proces vele malen sneller en accurater uitgevoerd wordt dan met de huidige standaarden als Bowtie, Bowtie2 en BWA.

Genalice ontwikkelde al eerder een softwareoplossing voor de verwerking, integratie en correlatie van biomedische big data.'Wij zijn een ict-bedrijf pur sang, dat de biomedische big data uitdagingen vanuit een compleet nieuwe invalshoek benadert', zegt Genalice-ceo Bert Reijmerink. ‘Dat dit tot baanbrekende softwareoplossingen kan leiden bewijst ons eerste product al. Met de toevoeging van dit nieuwe product laten wij de wereld opnieuw zien dat wij tot zeer verrassende verbeteringen op dit vlak in staat zijn. We verwachten onze nieuwe alignment-oplossing nog dit jaar op de markt te kunnen brengen.'

ICT~Office Innovatie Award

Begin juni 2012 werd bekend dat Genalice, met het platform 'Biomarker Discovery Platform for Oncology', de ICT~Office Innovatie Award in de wacht had gesleept. Dit platform helpt de medische wetenschap sneller, betrouwbaarder en goedkoper analyses te verrichten ten behoeve van op maat gesneden behandeling van kankerpatiënten.

De jury vond toen dat Genalice een prachtig voorbeeld is van hoe de wereld er in de toekomst uit kan zien, namelijk een compact bedrijf dat samenwerkt met andere private partijen, de wetenschap en de medische wereld. Er wordt gewerkt aan een maatschappelijk onderwerp waarbij de oplossing niet zozeer wordt gezocht in 'big is better', maar in 'smart is better'.

Reacties op dit artikel
De redactie vindt deze reactie: OKwillem oorschot, 11-09-2012 16:43
Het zou mooi zijn als de mate van verbetering wordt gekwantificeerd en de baseline waarmee wordt vergeleken wordt vermeldt. Sequence tijden zijn niet zozeer gefixeerd, het gaat om de doorlooptijd en die kan van geval tot geval variëren.
De redactie vindt deze reactie: OKBert Reijmerink, 11-09-2012 17:55
Beste Willem,
Deze informatie is beschikbaar en wordt vandaag gepresenteerd op ECCB12 in Basel (European Conference for Computational Biology, middels een posterpresentatie.
Te vinden op onze website http://alturl.com/jr25g
 
Je kunt doorklikken in het persbericht
12 vacatures
informatie analist

Kwintes , Zeist

Demandmanager

Belastingdienst , Apeldoorn

ICT Data Analist

Itility B.V. , Eindhoven

Senior Datamanager

Stichting Hiv Monitoring , Amsterdam Zuidoost

Audittrainee met specialisatie IT-audit

Ministerie van Financi\u00ebn, Auditdienst Rijk , 's-Gravenhage

Top 10 Reagerende members
  Aantal reacties
met 3+ sterren
Gemiddelde
waardering
Klik voor meer info1 1568 6.2
Klik voor meer info2 1305 6.0
Klik voor meer info3 1268 6.2
Klik voor meer info4 1070 6.2
Klik voor meer info5 979 6.1
Klik voor meer info6 901 6.1
Klik voor meer info7 755 6.2
Klik voor meer info8 524 6.1
Klik voor meer info9 405 6.2
Klik voor meer info10 398 6.0