Managed hosting door True

Softwaretool Genalice versnelt DNA-onderzoek

In een directe vergelijking met drie van de huidige standaarden, blijkt de nieuwe softwaretool van Genalice vele malen sneller en accurater DNA-alignment te kunnen uitvoeren. Een doorbraak, want hierdoor wordt onderzoek naar DNA-ziektes zoals kanker sneller, beter en goedkoper.

Zogenaamde sequencers, kunnen het volledige DNA van een patiënt digitaliseren. Deze machines lezen het totale DNA van een patiënt af in miljoenen korte stukjes. Vervolgens moet intelligente software deze (puzzel)stukjes op de juiste plaats leggen (alignment). Hierdoor krijgen onderzoekers een totaalplaatje van het DNA van een patiënt. Dit bevat vooral voor complexe DNA-ziektes, zoals kanker, een schat aan informatie om individuele patiënten beter te kunnen diagnosticeren en behandelen.

Bowtie, Bowtie2 en BWA

De bestaande oplossingen om alignment uit te voeren, hebben de versnellingscurve van de nieuwe generatie sequencers niet bijgehouden. De nieuwe software van Genalice is gebaseerd op een compleet nieuw algoritme waardoor dit alignment-proces vele malen sneller en accurater uitgevoerd wordt dan met de huidige standaarden als Bowtie, Bowtie2 en BWA.

Genalice ontwikkelde al eerder een softwareoplossing voor de verwerking, integratie en correlatie van biomedische big data.'Wij zijn een ict-bedrijf pur sang, dat de biomedische big data uitdagingen vanuit een compleet nieuwe invalshoek benadert', zegt Genalice-ceo Bert Reijmerink. ‘Dat dit tot baanbrekende softwareoplossingen kan leiden bewijst ons eerste product al. Met de toevoeging van dit nieuwe product laten wij de wereld opnieuw zien dat wij tot zeer verrassende verbeteringen op dit vlak in staat zijn. We verwachten onze nieuwe alignment-oplossing nog dit jaar op de markt te kunnen brengen.'

ICT~Office Innovatie Award

Begin juni 2012 werd bekend dat Genalice, met het platform 'Biomarker Discovery Platform for Oncology', de ICT~Office Innovatie Award in de wacht had gesleept. Dit platform helpt de medische wetenschap sneller, betrouwbaarder en goedkoper analyses te verrichten ten behoeve van op maat gesneden behandeling van kankerpatiënten.

De jury vond toen dat Genalice een prachtig voorbeeld is van hoe de wereld er in de toekomst uit kan zien, namelijk een compact bedrijf dat samenwerkt met andere private partijen, de wetenschap en de medische wereld. Er wordt gewerkt aan een maatschappelijk onderwerp waarbij de oplossing niet zozeer wordt gezocht in 'big is better', maar in 'smart is better'.

Dit artikel is afkomstig van Computable.nl (https://www.computable.nl/artikel/4560666). © Jaarbeurs IT Media.
?

 

Reacties

Het zou mooi zijn als de mate van verbetering wordt gekwantificeerd en de baseline waarmee wordt vergeleken wordt vermeldt. Sequence tijden zijn niet zozeer gefixeerd, het gaat om de doorlooptijd en die kan van geval tot geval variëren.

Beste Willem,
Deze informatie is beschikbaar en wordt vandaag gepresenteerd op ECCB12 in Basel (European Conference for Computational Biology, middels een posterpresentatie.
Te vinden op onze website http://alturl.com/jr25g

Je kunt doorklikken in het persbericht

Vacatures Business Intelligence

Stuur door

Stuur dit artikel door

Je naam ontbreekt
Je e-mailadres ontbreekt
De naam van de ontvanger ontbreekt
Het e-mailadres van de ontvanger ontbreekt

×
×