Software Imec analyseert dna in zes uur

Dit artikel delen:
Zorganalyse DNA

Het Leuvense onderzoekscentrum Imec heeft software ontwikkeld die dna-stalen in minder dan zes uur kan analyseren in plaats van twee dagen. Een doorbraak in big-data-gebaseerde dna-analyses.

Dankzij de nieuwste versie van de software van Imec, met de naam ElPrep5, kunnen de gigabytes aan data uit dna-stalen nu in enkele uren tijd informatie opleveren over mogelijke genetische afwijkingen. Dat is volgens Imec acht tot zestien keer sneller dan met de meest gangbare software.

Bovendien is de analyse uit te voeren op een klassieke server, in bijvoorbeeld een ziekenhuis. De doorbraak opent mogelijkheden voor hospitalen om zelf dergelijke analyses te starten in plaats van ze uit te moeten besteden aan gespecialiseerde analyselabo’s.

‘Een dokter kan 's avonds een analyseberekening beginnen en de volgende dag de resultaten bespreken met zijn patiënt’, aldus Imec-onderzoekster Charlotte Herzeel. Dankzij de snellere berekening dalen ook de kosten van de servers die een ziekenhuis eventueel huurt in de cloud.

Big-data-analyse

"Het snel en betaalbaar kunnen analyseren van genetische informatie is een van de essentiële vereisten van de toekomstige gezondheidszorg"

Dna-analyse bestaat ruwweg uit twee delen. Ten eerste het omzetten van een fysiek dna-staal in een digitale reeks ‘letters’ waaruit het dna is opgebouwd. Ten tweede het analyseren van die digitale dna-gegevens om bijvoorbeeld te kijken of er genetische afwijkingen in optreden.

In dit hele proces wordt de fysieke dna-streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd. Het digitaliseren ervan levert gigabites aan data op waaruit de oorspronkelijke streng dan weer moet opgebouwd worden om hem vervolgens te kunnen controleren op afwijkingen.

Het is een complex proces wat veel rekenkracht en big-data-analysemethodes vraagt. De ElPrep-software van Imec is, volgens het onderzoekscentrum, toonaangevend in het automatiseren van deze laatste complexe stappen.
 
Het snel en betaalbaar kunnen analyseren van genetische informatie is, zo benadrukt Imec, een van de essentiële vereisten van de toekomstige gezondheidszorg waar ziektepreventie, vroege diagnose en patiëntgerichte therapie centraal staan. 

De kost van dna-analyses daalde de voorbije tien jaar al significant. Maar de doorlooptijd, tot 48 uur voor een volledig genoom, bleef een struikelblok. Die tijd herleiden tot minder dan zes uur is dan een hele stap voorwaarts.

De belangrijkste reden waarom Imec met de software dergelijke snelheden haalt, is doordat de software slechts eenmaal door alle data leest om vervolgens alle bewerkingen uit te voeren. Heel die tijd wordt zoveel mogelijk data in het geheugen gehouden.

Klanten

Imec hoopt de nieuwe software deze maand op de markt te brengen. De kostprijs is nog onbekend. Potentiële klanten zijn medische laboratoria, hospitalen, wetenschappelijk onderzoek en farmaceutische bedrijven. Verscheidene industriële partners zouden, volgens Imec, al interesse tonen om de software in gebruik te nemen.

x

Om te kunnen beoordelen moet u ingelogd zijn:

Dit artikel delen:

Uw reactie

LET OP: U bent niet ingelogd. U kunt als gast reageren maar dan wordt uw reactie pas zichtbaar na goedkeuring door de redactie. Om uw reactie direct geplaatst te krijgen moet u eerst rechtsboven inloggen of u registreren

Vul uw naam in
Vult u een geldig e-mailadres in
Vult u een reactie in
Jaarbeurs b.v. gaat zorgvuldig en veilig om met uw persoonsgegevens. Meer informatie over hoe we omgaan met je data lees je in het privacybeleid
Als u een reactie wilt plaatsen moet u akkoord gaan met de voorwaarden
Vacatures Big data

Stuur dit artikel door

Uw naam ontbreekt
Uw e-mailadres ontbreekt
De naam van de ontvanger ontbreekt
Het e-mailadres van de ontvanger ontbreekt

×
×
article 2020-10-02T10:53:00.000Z William Visterin
Wilt u dagelijks op de hoogte worden gehouden van het laatste ict-nieuws, achtergronden en opinie?
Abonneer uzelf op onze gratis nieuwsbrief.