De financiële verslaglegging van Baan over 1997 roept vraagtekens op. Hierdoor zakte de koers van de aandelen de afgelopen dagen aanzienlijk. Na de bekendmaking van de tegenvallende cijfers van het eerste kwartaal was de koers ook al gedaald. In totaal is de koers nu al met 25 procent gezakt.
Uit het jaarverslag, dat Baan bij de Amerikaanse beurswaakhond Securities and Exchange Commission heeft gedeponeerd, komt een aantal ongewone boekhoudkundige transacties voor. Deze hebben te maken met diverse verkoop- en betalingstransacties tussen Baan en de aan de erp-leverancier gelieerde bedrijven. Daaronder valt een post van 11,6 miljoen dollar aan softwarelicenties die pas in het eerste kwartaal van dit jaar daadwerkelijk zijn verkocht. Naast Baan bestaat ook het bedrijf Baan Investments, dat door Jan en Paul Baan wordt geleid. Onder Baan Investments vallen drie vennootschappen: Baan Business Systems, Baan Business Innovation en Baan Institute. Het zicht op de geldstromen tussen deze vennootschappen en Baan is beperkt.