Programmeur moet eiwitten kunnen isoleren

Voor automatiseerders met interesse in de bioinformatica zou het een goede les zijn een paar weken in een laboratorium te werken. Dat vindt de Nijmeegse hoogleraar informatica Gert Vriend. Een paar weken eiwitten zuiveren doordringt de ict'ers ervan hoe ingewikkeld de laboratoriumproeven zijn. Dat zuiveren gebeurt door een plaat, gevuld met een waterige gel, op te stellen in een elektrisch veld. Verschillende eiwitten lopen daardoor elk met hun eigen snelheid door de gel. In deze zogenoemde 2D-gel worden de verschillen van boven naar beneden veroorzaakt door de variatie in lengte. De verdeling van links naar rechts is een maat voor de elektrische lading van het eiwit.

Vriend verwacht van de ict'er niet dat deze in het lab succes heeft, maar wel dat hij respect heeft gekregen voor het soort werk. Het helpt hem begrip te krijgen voor de bioloog die voor de zoveelste keer vraagt om een aanpassing van de software. "Die wil al die experimenten niet hoeven overdoen. Handig dus, als de programmeur dat kan voorkomen."
De Nijmeegse hoogleraar was een van de organisatoren van een vijfdaagse cursus bioinformatica. De deelnemers kwamen uit heel Europa, van Finland tot Turkije. De veertig biologen en twee informatici volgden lezingen, namen deel aan workshops en oefenden het geleerde vervolgens op computers. Het moet de deelnemers laten zien welke ict-gereedschappen er nu voorhanden zijn en aan welke wordt gewerkt.

Perl en Python

De behoefte aan ict'ers in de Nederlandse bioinformatica groeit, aldus de hoogleraar. Niet voor niets krijgen de biologen bij de Radboud Universiteit nu les in statistiek, biofysica en bioinformatica. "Dat vinden biologen wel de meest vervelende vakken. Een differentiaalvergelijking, daar is een bioloog gewoon niet in geïnteresseerd." Die weerstand heeft de huidige generatie hoogleraren volgens Vriend ook, reden dat het gat tussen informatica en biologie zich maar langzaam sluit.
Tegelijkertijd ontstaat er bij de moderne genetische en moleculaire proeven een 'ontzettende bom programmeerwerk'. "De gemiddelde bioloog vindt code kloppen helemaal niet leuk."
Vriend schat dat er per jaar plaats is voor zo'n tweehonderd gespecialiseerde ict'ers. De labervaring is geen scherts. "Anders komen er ict'ers op ons af die zich er doorheen bluffen nadat ze een weekje de buzzwords hebben geoefend."
Volgens hem leveren de huidige informaticaopleidingen niet de juiste soort programmeurs af. "Afgestudeerde ict'ers zijn bedreven in het structureren van ict-problemen. Ze zijn echter niet flexibel. De bioinformatica heeft behoefte aan programmeurs die juist zonder al te veel vragen over de structuur, snel koppelingen kunnen veranderen."
"Wij zoeken programmeurs die ons in staat stellen sneller te werken." Een bioloog vindt bijvoorbeeld halverwege zijn experimenten uit dat een oorspronkelijke aanname erover niet klopt. Aanpassingen in de software die de berekeningen doet, kunnen echter voorkomen dat alle proeven over moeten.
Wat praktische talenkennis betreft, stelt de professor onder meer bedrevenheid op prijs in de scripttalen Perl en Python. Vooral de laatste acht hij hard op weg de standaardtaal te worden voor veel bioinformatica-toepassingen. "Dat pikt iemand die bedreven is in een andere taal in twee dagen op. Bij mij krijgt iedereen Python." Dat hij voor twee open source talen kiest, heeft een economische reden. Er is nog erg weinig bioinformatica-software beschikbaar; en de commerciële pakketten zijn prijzig. "Ben je een arme biomedicus, dan is zelf schrijven en met collega-onderzoekers delen de beste optie."

Plantfysiologie

De twee scripttalen stellen de ict'er onder meer in staat snel koppelingen aan te brengen (en te veranderen) met databases en de applicatie-interfaces van andere programma's. Een van de deelnemers, de Duitse promovendus Morris Michael herkent deze taakomschrijving. Van de twee talen heeft hij alleen nog maar gehoord. "Ik gebruik voornamelijk C, C++ of Java."
Michael is een van de twee informatici die aan de cursus deelneemt. Hij werkt bij de universiteit van Helsinki in Finland. Bioloog Stefan Pinkert van de Universiteit Wuerzburg, onderschrijft Vriends voorkeur voor Python. "Ik gebruik het voor het schrijven van scripts die data uit databanken ophalen, en na de berekeningen de data weer terugschrijven." Om die reden is volgens hem een goed begrip van de databasequery-taal (sql) handig. Pinkert is na zijn doctoraal biologie informatica gaan studeren. "Ik ben in beide geïnteresseerd."
Pinkert is het ook eens met Vriend dat er naast biologen behoefte is aan echte informatici. "Het is niet erg efficiënt als een bioloog Python of andere talen moet gaan leren." Hij krijgt bijval van Marian Bemer, onderzoekster moleculaire plantfysiologie bij de Radboud Universiteit. "Ik kan helemaal niet programmeren. Heb ik wat nodig, dan haal ik er iemand bij van de informatica-afdeling."< BR>