Google heeft toegegeven dat de meest recente Enterprise-uitvoering van Google Desktop 3 onveilig is. Het transport van de gedeelde informatie tussen computers is onveilig waardoor gevoelige informatie uit kan lekken. Onderzoeksbureau Gartner waarschuwt hiervoor.
Gebruikers kunnen met de Enterprise-uitvoering van Google Desktop 3 ook zoeken naar bestanden die op andere computers staan. Hiervoor kopieert het programma automatisch de gedeelde bestanden naar de servers van Google. Daar worden de bestanden maximaal een maand bewaard.
De bestanden worden versleuteld tijdens de verzending en staan ook versleuteld op de servers van Google. Uit ervaringen van gebruikers is echter gebleken dat deze transportmethode net zo veilig is als het versturen van e-mails. Deze mate van beveiliging is onvoldoende voor het zakelijk gebruik van deze toepassing. Google adviseert daarom aan alle gebruikers van de Enterprise-uitvoering deze functie niet te gebruiken.
