Structural Bioinformatics (SBI), een Amerikaanse medisch onderzoeksinstituut, gebruikt sinds kort een IBM RS/6000 SP-computer voor DNA-onderzoek en de ontwikkeling van nieuwe medicijnen. De SP-serie is gebaseerd op dezelfde technieken als Deep Blue, IBM’s schaak-supercomputer.
SBI gebruikt het computersysteem om krachtige simulatieprogramma’s te draaien die DNA-structuren analyseren en ontrafelen. Dit gebeurt door de minieme oppervlakteverschillen te berekenen tussen menselijke proteïnen. De informatie daaruit dient om moleculen te ontwerpen die deze proteïnen beïnvloeden. Dat is een startpunt voor de ontwikkeling van effectieve medicijnen.
SBI’s Deep Blue kan zestien proteïnen per minuut verwerken en is daarmee tien keer sneller dan het voorgaande systeem. Deze prestatieverbetering is nodig omdat het wereldwijde onderzoek naar menselijke genen jaarlijks de code van meer dan honderdduizend genen ontdekt. Elk van deze codes kan verschillende proteïnestructuren scheppen.
SBI werkt samen met diverse grote farmaceutische bedrijven om nieuwe medicijnen te ontwikkelen tegen ondermeer kanker, hart- en vaatziekten en hepatitis.
