The MathWorks introduceert SimBiology, de eerste grafische tool voor systeembiologie. SimBiology stelt door middel van een beproefde rekenengine biologen in staat om biochemische paden in een geïntegreerde omgeving te simuleren, te modelleren en te analyseren. SimBiology, gebaseerd op de engine van The MathWorks MATLAB®, verbetert de communicatie tussen modelontwikkelaars en biologen. Rekenkundige biologen hoeven hierdoor niet langer voor elke fase van de systeembiologie specifieke tools te gebruiken.
De analyse van biochemische paden bestudeert organismen systemen bestaand uit elementen die via chemische reacties met elkaar interacteren. Vanwege de enorme complexiteit van het onderzoek van paden gebruiken rekenkundige biologen model gebaseerde tools om deze paden grafisch weer te geven en een engine om de experimentele en simulatiegegevens nauwkeurig te analyseren.
SimBiology levert een volledige modelleringsomgeving, met een grafische front-end en een beproefde rekenengine. SimBiology heeft een drag-and-drop interface, zodat ook biologen die zelf niet programmeren modellen van paden kunnen aanmaken, bewerken en bekijken. Zij kunnen de gemodelleerde reacties simuleren met deterministische en stochastische simulatie-solvers en daarna de resultaten in SimBiology analyseren, of specifieke analyses met MATLAB uitvoeren.
SimBiology automatiseert veel van de tijdrovende taken in de systeembiologie, waaronder de sensitiviteitsanalyse die de impact evalueert van parameterwijzigingen op paden en helpt bij het opsporen van mogelijke targets voor geneesmiddelen. SimBiology kan automatisch schattingen maken van onbekende parameters in een bestaand model, zodat biologen experimentele gegevens kunnen gebruiken om een model te verfijnen en minder tijd hoeven te besteden om alle facetten van de parameters te onderzoeken. Beide soorten automatisering verminderen de noodzaak voor tijdrovende en dure experimenten.
“De systeembiologie is een snel groeiende discipline die technologie nodig heeft om de inherente complexiteit van het onderzoek van de interacties tussen genen en proteïnen te beheersen. Tot op heden beschikten de tools voor de systeembiologie óf over de krachtige wiskundefuncties óf over een grafische front-end,” zegt Kristen Amuzzini, marketing manager biotech, pharmaceutical and medical bij The MathWorks. “SimBiology is ontwikkeld als antwoord op de vraag van onze klanten naar een tool die beide functionaliteiten combineert. Door de kracht van MATLAB te koppelen aan een intuïtieve drag-and-drop-interface, kunnen wij deze klanten een veelzijdige tool voor systeembiologie leveren die hen helpt om de kwaliteit en de snelheid van de ontdekking van geneesmiddelen te verbeteren.”
SimBiology versterkt de positie van The MathWorks in de rekenkundige biologie, als aanvulling van de andere toepassingen van MATLAB en Simulink® in de biowetenschappen die gebruikt worden voor het importeren, analyseren en weergeven van data, het modelleren van biologische systemen, het communiceren van resultaten, het toepassen van applicaties en het verbeteren van de rekenprestaties.
SimBiology is per direct beschikbaar.
