Structural Bioinformatics (SBI), een Amerikaanse medisch onderzoeksinstituut, gebruikt sinds kort een IBM RS/6000 SP-computer voor DNA-onderzoek en de ontwikkeling van nieuwe medicijnen. De SP-serie is gebaseerd op dezelfde technieken als Deep Blue, IBM’s supercomputer die beroemd werd door de overwinning op wereldkampioen schaken Gary Kasparov.
SBI gebruikt het computersysteem om krachtige simulatieprogramma’s te draaien die DNA-structuren analyseren en ontrafelen. Dit gebeurt door de minieme oppervlakteverschillen te berekenen tussen menselijke proteïnen. De informatie die dit proces oplevert, wordt vervolgens gebruikt om moleculen te ontwerpen die deze proteïnen beïnvloeden. Dit is een belangrijk startpunt voor de ontwikkeling van effectieve medicijnen.
SBI’s Deep Blue kan zestien proteïnen per minuut verwerken en is daarmee tien keer sneller dan het voorgaande systeem. Deze prestatieverbetering is voor SBI noodzakelijk, aangezien het wereldwijde onderzoek naar menselijke genen jaarlijks de code van meer dan 100.000 genen ontdekt. Elk van deze codes is in staat om verschillende proteïnestructuren te scheppen. "Wij hebben dus een systeem nodig dat grote hoeveelheden data snel en accuraat kan analyseren, opslaan en weergeven", zei Edward Maggio, algemeen directeur van SBI. Dit instituut werkt samen met diverse grote farmaceutische bedrijven om nieuwe medicijnen te ontwikkelen tegen ondermeer kanker, hart- en vaatziekten en hepatitis. JB
